掃描電鏡作為一種強大的表面分析工具，確實也存在一些缺點。以下是SEM掃描電鏡的一些主要缺點：

設備昂貴：SEM掃描電鏡設備通常價格昂貴，需要大量的資金投入，這限制了其在小型企業和個人用戶中的普及。

操作條件苛刻：掃描電鏡要求操作環境干凈、穩定，并且樣品B須具有一定的導電性。因此，需要對樣品進行特殊的處理，如拋光、鍍膜等，以確保在電子束的轟擊下不會產生電荷積累。這些步驟可能會增加樣品制備的復雜性和成本。

分析局限性：雖然SEM掃描電鏡在樣品的表面成像技術上具有很大的優勢，但它對于樣品的內部結構和成分的分析相對困難。為了獲得更全面的信息，可能需要結合其他技術，如X射線能譜分析（EDS）或電子背散射衍射（EBSD）等。

易受環境干擾：掃描電鏡設備對環境條件非常敏感，如周圍的磁場和振動等，都可能對成像質量產生不利影響。因此，需要在專門的實驗室環境中使用，并采取一系列措施來減少環境干擾。

樣品損壞風險：在高能電子束的轟擊下，一些樣品可能會受到損壞或變形。特別是對于軟質樣品（如生物樣品、聚合體等），需要特別小心以避免樣品損壞。

圖像解釋困難：SEM掃描電鏡圖像的解釋可能需要一定的經驗和專業知識。不同的材料、不同的制備方法和觀察條件都可能對圖像產生影響，因此需要仔細分析和解釋。

綜上所述，雖然掃描電鏡是一種功能強大的表面分析工具，但它也存在一些缺點。在選擇使用SEM掃描電鏡時，需要根據具體的應用需求和環境條件進行權衡和考慮。